Vérzés gyanúja, kitágult erek, az agy cisztái, daganatai, ödémái, vérzései, koponyatörések és egyéb degeneratív vagy időskori elváltozások kimutatására, az orr melléküregeinek vizsgálatára.
Koponya CT-t kér az orvos akkor is, ha az MR vizsgálat kontraindikált, vagy a páciens eszméletlen, illetve pacemakere, aneurizma klipje van.