A pajzsmirigy két lebenyének és a mellékpajzsmirigy vizsgálatának elengedhetetlen eszköze az ultrahang. Az ultrahang segítségével a pajzsmirigy kisebb változásait is megfigyelhetők, pontosan meg tudjuk határozni a pajzsmirigy méretét, alakját és a szerkezetét is, de a göbös elváltozások, gyulladások és ciszták is láthatók. Az ultrahang fontos szerepet tölt be a pajzsmirigy és a mellékpajzsmirigy diagnosztikájában, a nyaki lágyrészek illetve a nagy nyálmirigyek és a nyaki nyirokcsomók vizsgálatában is.
Minden olyan esetben ajánlott a pajzsmirigy ultrahang vizsgálat elvégzése, amikor a tapintásos vizsgálat (endokrinológus v. belgyógyászati vizsgálat során) vagy az egyéb tünetek alapján felmerül a pajzsmirigy kóros elváltozásának lehetősége.